1. על המפעילים בחדר הנקי להקפיד על כללי ההפעלה של החדר הנקי. יש לשמור את הדלתות והחלונות של החדר הנקי סגור בכל עת. צריך להיות אזור חיץ להעברת כוח אדם ופריטים בין חדר נקי לחדר שאינו נקי, וצריך להיות ציוד לאמבטיית אוויר כדי למנוע הסעת זרימת אוויר. כוח אדם שאינו קשור לייצור אינו רשאי להיכנס לחדר הנקי.
2. תדירות חילופי האוויר בחדר הנקי ונפח אספקת האוויר של מערכת טיהור מיזוג האוויר הם הגורמים הפנימיים העיקריים השומרים על הלחץ החיובי והניקיון של החדר הנקי, אך הם מוגבלים על ידי ההתנגדות הסופית של המסננים בכלל רמות במערכת הטיהור.
3. הציוד בחדר נקי מצריך ניקיון ותחזוקה קבועים, מתוזמנים ומאוישים והאם החומרים ונוזלי הניקוי המשמשים לניקיון עומדים בתקנות ניהול חדרים נקיים.
4. עבור המשתמשים, הניקיון של חדר נקי הוא הדאגה העיקרית שלהם. המקור הגדול ביותר לזיהום בחדר נקי פועל הוא אנשים ופריטים הנכנסים לחדר. חלקיקי האבק הנוצרים במהלך הייצור הם גם גורם נוסף המשפיע על הניקיון הפנימי.
5. להפרדה הסבירה בין אנשים ולוגיסטיקה יש משמעות רבה לשמירה על ניקיון הבית. האם לפני הכניסה לחדר הנקיון אנשים מחליפים בגדים, נושפים ומתקלחים, והאם הלבוש שלהם עומד בסטנדרטים של ניהול ניקיון? חלק מהעובדים עם תהליכי ייצור מיוחדים ודרישות ניקיון גבוהות צריכים גם הם להתרחץ לפני הכניסה; לפני הכניסה לחדר נטול האבק, האם הוחלפה האריזה והאם החומרים המוחלפים עומדים בתקני חדר נקי וכו'.